Louis Agassiz (1807-1873), l'un des plus grands naturalistes de son siècle, enseigna au Collège puis à l'Académie de Neuchâtel de 1832 à 1846, date de son départ pour l'Amérique.
Esprit brillant et travailleur acharné, étudiant avec autant de bonheur les poissons, les oursins, les mollusques ou les glaciers, cet homme attachant et enthousiaste donna l'impulsion à l'extraordinaire essor scientifique que connut Neuchâtel vers le milieu du siècle passé. C'est dans le domaine alors presque vierge des poissons fossiles que sa contribution est la plus importante: il décrivit et classa, dans un ouvrage monumental de plus de 2000 pages et 400 planches - les célèbres Recherches sur les Poissons fossiles parues de 1833 à 1843 - toutes les espèces connues et il établit une corrélation entre la succession des divers types de poissons et l'époque de leur apparition. Le Muséum possède une riche collection d'un grand intérêt historique et scientifique de spécimens types.

Dans l'esprit de beaucoup, le nom de Louis Agassiz est, avant tout, associé à la théorie glaciaire et aux premières campagnes d'étude des glaciers alpins (glaciers d'Unteraar), qui passionnèrent l'opinion scientifique vers 1830-1840. Bien qu'il ne fût pas le premier à avoir mis en évidence l'action de remodelage du relief par ces gigantesques “rabots” que constituent les glaciers, Agassiz mit dans la bataille tout son enthousiasme, son autorité de savant de renom et contribua fortement à la faire accepter. Son apport personnel fut d'envisager une véritable “époque glaciaire” aux répercussions mondiales.