Riche ensemble d'une grande valeur historique comprenant 22'000 espèces vers 1900 Formées autour de l'herbier P.-L.-A. Coulon, comprenant notamment les plantes exotiques de l'herbier L'Héritier. Plantes de A .-P. de Candolle, Delessert , Broussonnet, A . Braun, W. Schimper, L. Agassiz, Schleicher. Herbiers Chaillet (Suisse, Europe). Ch.-H. Godet (flore du Jura, monde entier). Mousses de L. Lesquereux (Europe, Amérique du Nord). L’ensemble des herbiers a été placé en dépôt à l’Institut de Botanique de l’Université en 1918.
Pièces remarquables d’iconographie botanique: les 151 aquarelles originales des Fleurs du Jura de Philippe Robert. Les 100 aquarelles originales de Sophie Rivier des Fleurs des Champs et des Bois, des Haies et des Murs de H. Correvon. Gouaches originales de Pierrette Bauer des Arbres et arbustes d’Europe de A. Quartier.

Epilobium rosmarinifolium, une des Fleurs du Jura de Philippe Robert,
dont le Muséum possède les aquarelles originales.