De même que beaucoup d'autres musées d'histoire naturelle de Suisse ou d'Europe, le Muséum d'histoire naturelle de Neuchâtel a connu une histoire mouvementée. Le noyau initial des collections a été constitué, en 1795, par le don de la part du général Charles-Daniel de Meuron (1748-1806) de son Cabinet d'histoire naturelle. En 1835, un véritable musée est créé au Collège Latin (l’actuelle Bibliothèque publique et universitaire) sous l'impulsion de Louis Coulon (1804-1894) et du savant Louis Agassiz (1807-1873) dont le rayonnement scientifique a permis des contacts et des échanges avec bon nombre de musées européens et suscité un accroissement prodigieux des collections. Cette phase d'expansion s'est prolongée bien au-delà du départ d'Agassiz en 1846 pour les Etats-Unis, si bien que vers la fin du siècle dernier et après la mort de Louis Coulon, le musée de Neuchâtel était devenu l'un des plus riches de Suisse, en particulier pour sa collection d'oiseaux.
Le général de Meuron qui légua son cabinet d’histoire naturelle
à la Ville de Neuchâtel en 1795.
Louis Coulon (1804-1894), fondateur et premier directeur du Muséum.
Louis Agassiz, un des plus grands savants du 19ème siècle, à Neuchâtel de 1832 à 1846.
A cette période heureuse, qui se prolonge sous la direction de Paul Godet (1836-1912), spécialiste de mollusques, succède une période plus sombre qui résulte du manque chronique d’espace et du manque de dynamisme des conservateurs dont la charge de travail s'ajoute à celle de professeur d'université. Dès 1917, le Muséum régresse: transfert des collections de géologie à l'Institut de géologie de l'Université (1917) et transfert des collections de botanique à l'Institut de botanique (1918).
Paul Godet, conservateur de 1894 à 1911, a rassemblé une grande collection de Mollusques.
Peu d'événements marquants surviennent jusqu'en 1960, date à laquelle Archibald Quartier prend la direction du Muséum et lui donne une vitalité nouvelle. Il fait construire par F. Gehringer de remarquables dioramas présentant la faune des mammifères et des oiseaux de Suisse. Le regain de popularité que connaît le Muséum permet alors d'envisager une solution au manque d'espace qui bloque depuis 60 ans le développement de l'institution.
Archibald Quartier, artisan du renouveau du Muséum, conservateur de 1960 à 1980.
En 1978, la solution est trouvée. L'Ecole de commerce quittera graduellement le beau bâtiment, devenu trop bruyant, situé à l'angle de l'avenue de la Gare et de la rue des Terreaux, pour s'installer au bord du lac. D’importants travaux sont engagés dès 1979, d’abord sous la direction de A. Quartier, puis, dès janvier 1981, sous celle de Christophe Dufour, actuel directeur du Muséum. La première priorité est de mettre en lieu sûr les collections scientifiques et d’aménager ensuite les salles d’exposition. Les travaux d'installation du nouveau Muséum d'histoire naturelle se feront par étapes, dont la dernière en date, consistant en la réfection des façades et l’aménagement de la zone d’accueil, aura lieu durant l’an 2000.
Fritz Gehringer dans les armoires de stockage des collections scientifiques d’oiseaux.
