Riche collection (environ 10’500 spécimens), la plus importante de Suisse vers 1900, formée autour de la collection Louis Coulon. Pérou (collection Tschudi, types, exemplaires figurés). Amérique du Sud (A. Berthoud - Coulon, L. DuPasquier, J.-F. et G.-A. Fluhmann, A. de Chambrier, F. Favarger), Antilles (Ch.-J. LaTrobe), Cuba (Ch. Jeanneret). Mexique (Ch. Jacot-Guillarmod, H. de Saussure-Pourtalès, Bauer). Californie (A. Borel, M. Borel). Java (Borel-Lagnier). Australie (J. de Pury, G. et S. de Pury, Ch.-J. LaTrobe, H. de Castella). Afrique occidentale (H. Berthoud). Angola (A. Monard). Afrique du Sud (H. Jacottet). Nord de l'Europe (Ph. de Rougemont, A. Mathey-Dupraz). Nombreux Paradisiers et Colibris. Anciens dioramas de Paul-André Robert. Suisse (F. Gehringer, collection récente). Révision: Types de Tschudi par H. von Berlepsch et C.E. Hellmayr. Catalogue publié : Types d’oiseaux, par M. Desfayes (1994).

Psittacus mercenarius, un perroquet récolté au Pérou et décrit par J.-J. von Tschudi
en 1844, dont le spécimen-type se trouve dans les collections du Muséum .

Pièces d'un intérêt particulier: Grand Pingouin, espèce éteinte, très rare dans les musée (Pinguinus impennis). Nombreuses espèces très rares, voire éteintes (Pigeon migrateur Ectopistes migratoria, Perruche de Caroline Conuropsis carolinensis, Huia Heteralocha acutirostris, Pic à bec d'ivoire Campephilus principalis...).

Le Grand Pingouin (Pinguinus impennis), espèce aujourd’hui disparue,
une des pièces maîtresses du Muséum

Vautour moine Aegypius monachus, I'avant-dernier individu tué en Suisse. Circaète Circaetus gallicus de Neuchâtel, espèce disparue de la région.

Collections d'œufs du pasteur S. Robert (offerte par A. Borel, très riche, espèces européennes, 6000 exemplaires) et de J.-P. Jéquier. Nids particuliers.