Plus de 3000 spécimens. Collection formée autour de la riche collection Agassiz (types de Martius et Spix, échanges Sélys-Longschamps, Bonaparte, Heckel, Valenciennes, Siebold, Kaup). Japon (P. de Meuron). Egypte (P. Traub). Brésil (Barrelet-Leuba). Pérou (Tschudi). Collection du Musée Godeffroy de Hambourg. Catalogue publié: Types de Poissons par M. Kottelat (1984).

Pièces d'un intérêt particulier: collection de Poissons du lac de Neuchâtel (Agassiz, Jacques), notamment Corégones d'Agassiz. Féra Coregonus fera et Gravenche Coregonus hiemalis, espèces éteintes du Léman.